随着过滤工况的继续进行，滤料表面的粉尘层越积越厚，除尘器的运行阻力越来越大，处理风量越来越小，此时需要进入清灰工况，利用振动、反吹风或脉冲喷吹等方式对滤袋进行清灰，使大部分粉尘从滤料表面剥离，仅残留部分嵌入纤维层内部或牢固黏附于纤维层表面的粉尘，滤料得以生产。
滤料表面的粉尘层分为一次粉尘层和二次粉尘层。一次粉尘层是指在正常清灰后，仍依附在纤维层，与纤维层一起构成过滤体，不再脱落的粉尘层。二次粉尘层是指在正常清灰后，能从纤维层表面效果优良剥离脱落的粉尘层。通常需要经过数千次的过滤-清灰动作，历时数月运行才能建立稳定的一次粉尘层。
对于分室结构的布袋除尘器，清灰工况是依序逐室进行的，使除尘器的过滤效率、运行阻力以及系统运行风量不至于发生太大的波动。
